개인적으로 주식거래 기록을 다음과 같이 하고 있습니다.

증권계좌(현금), 증권계좌(주식) 계정을 2개 만듭니다.
현금 입출금거래는 물론 증권계좌(현금)에 입력합니다.

A주식 매수 시....
증권계좌(현금) 계정에서,
1) 항목명:주식매수 거래처명:A 대체상대계정:증권계좌(주식) 출금:[매입금액]
2) 항목명: 증권거래수수료 거래처명:A 출금:[수수료금액]
을 입력합니다.

A주식 매도 시....

증권계좌(현금) 계정에서,
1) 항목명:주식매도 거래처명:A 대체상대계정:증권계좌(주식) 입금:[매도금액]
2) 항목명: 증권거래수수료 거래처명:A 출금:[수수료금액]
3) 항목명: 증권거래세 거래처명:A 출금:[세금금액]

증권계좌(주식) 계정에서,
1) 증권투자수익이 나면,
항목명: 증권투자수익 거래처명:A 입금: [증권투자수익금액]
혹은
2) 증권투자손실이 나면,
항목명: 증권투자손실 거래처명:A 출금: [증권투자손실금액]

주식매수/매수 할 때 현금 입출금 거래가 분명하게 발생되며,
증권계좌(현금) 계정에서 증권투자수익/증권투자손실으로 기록하면 주식 매수 시(즉 주식을 보유하고 있는 동안) 증권계좌(현금) 계정 잔액이 실제 잔액과 일치하지 않습니다.
그러나, 상기 방법으로 기록하면 주식 매수 시(즉 주식을 보유하고 있는 동안)에도 증권계좌(현금) 계정의 실제잔액과 일치합니다.

사족)
머니북에서 증권계좌(현금) 계정을 만들면 자동으로 증권계좌(주식) 계정이 만들어지고,
주식 매수/매도할 때 수량, 단가, 수수료, 세금을 입력하면 증권게좌(주식)으로 대체거래가 기록되고,(수수료, 세금도 미리 정의해둔 비율계산식을 계산되고...)
주식 매도 시 자동으로 수익/손실이 증권게좌(주식) 계정에 기록되는 알고리즘이라면 머니북에서 편리하게 사용할 수 있을텐데...
할 수없이 수동으로 상기 방법으로 기록하고 있습니다.